Конечно, ведь логин и пароль суперпользователя в EGroupware - любые, какие назначите. Не обязательно root, любой сойдёт. Делается это в приложении setup, см.
demo.egroupware.ru/setup/
Нам нужен Setup/Config Admin, соответственно нужно знать учетные данные админа конфигурации. Далее просто назначаем логин/меняем пароль/сбиваемнафиг администратора EGroupware.
Пароль админа конфигурации назначается/сбивается админом заголовка.
Админа заголовка тоже заменить несложно - переименовать или переместить старый header.inc.php и создать на его место новый с новым хэшем пароля админа. Да он и вручную нормально правится, там всё довольно понятно.
В общем, имея достаточные права на хостинг, сменить/восстановить админские права EGroupware даже без ущерба для базы данных задача решаемая.
