Полностью повторил весь сценарий, только дистрибутив сервера пришлось взять актуальный, Ubuntu 14.04.3 LTS
Ничего подобного, всё работает штатно. Моё предположение о проблемах с EGW в репо - тоже нет.
И вообще, по инструкции установка идёт не из собственных репо Ubuntu, а из подключаемых c opensuse.org
sudo sh -c "echo 'deb http://download.opensuse.org/repositories/server:/eGroupWare/xUbuntu_14.04/ /' >> /etc/apt/sources.list.d/egroupware-epl.list"
sudo apt-get update
sudo apt-get install egroupware-epl
Так что - тоже мимо. Остаётся сам веб-сервер, его настройки. Говорите, давно работающий сервер? Самое простое и логичное в такой ситуации - поставить новую копию, и лучше сразу в виртуалке. Заодно автоматом решается проблема бэкапа, который можно делать простым копированием образа виртуальной машины целиком.